海淀區第二實驗小學成立于1999年5月7日。它由原清河二小、清寧路小學合并而成,且先期合并了原朱房小學和安寧莊小學,辦學基礎較好。
目前有四個校區:橡樹校區、朱房校區、清寧校區、當代校區。
2010年橡樹灣小區投資擴建該校校區,修建可容納800人同時就餐的食堂,增建室內籃球館,擴建圖書館,將一圈僅僅有150米的原操場廢棄,修建了一個一圈400米的標準操場。這次擴建將海淀區第二實驗小學建成海淀區硬件設備一流的小學。