海淀區第二實驗小學成立于1999年5月7日。它由原清河二小、清寧路小學合并而成，且先期合并了原朱房小學和安寧莊小學，辦學基礎較好。

目前有四個校區：橡樹校區、朱房校區、清寧校區、當代校區。

   2010年橡樹灣小區投資擴建該校校區，修建可容納800人同時就餐的食堂，增建室內籃球館，擴建圖書館，將一圈僅僅有150米的原操場廢棄，修建了一個一圈400米的標準操場。這次擴建將海淀區第二實驗小學建成海淀區硬件設備一流的小學。